Кристоф Штёкер родился в 1969 году в Вюрцбурге. Его музыкальное образование началось в раннем возрасте с уроков игры на фортепиано, а позже – на органе, трубе и контрабасе. После окончания школы он изучал церковную музыку в различных институтах южной Германии и выступал как тенор в таких вокальных ансамблях, как Штутгартский камерный хор (кон. Фридрих Берниус) и Камерный хор в Берлине.

С 1992 года учился дирижированию в Высшей школе музыки в Вюрцбурге в классе профессора Вича и его преемника профессора Фёрстера. Первая опера которую Кристоф подготовил в качестве дирижера-ассистента была “Дон Жуан” в Театре имени Гёте в Бад-Лаухштедте. Он сам продирижировал первые показы, получив высокие оценки прессы и зрителей.

С 1995 года Штёкер работал в качестве сольного репетитора в Мекленбургском государственном театре (Шверин). В 2002 году он перешел в Гамбургскую государственную оперу в качестве вокального репетитора, где, помимо многочисленных репетиций и ассистентской работы, приобрел опыт сценического дирижера. В Высшей школе музыки и театра, где он в то время работал преподавателем, Кристоф Штёкер дирижировал операми Герда Кюра «Сталлерхоф», а также «Геспенштернат» Ариберта Реймана. С 2004 по 2006 год он руководил «Студенческим оркестром Харвестехудера» с которым они исполняли симфонии в концертах в Музикхалле («Лайсхалле»), которые хорошо были приняты публикой.